Yasanın yürürlüğe girmesi ile birlikte, kamu görevlileri hakkında, 14 Şubat 2005 tarihinden itibaren işlenmiş fiillerden dolayı verilen bazı disiplin cezaları, bütün sonuçlarıyla affedilecek. Devletin güvenliğine karşı suçlar, Anayasal düzene ve bu düzenin işleyişine karşı suçlar, zimmet, irtikap, rüşvet, hırsızlık, dolandırıcılık, sahtecilik gibi suçlardan doğan cezalar ise af kapsamı dışında bırakılacak.

Bu cezalar dışında verilen disiplin cezaları bütün sonuçlarıyla affedilecek. İlgililer hakkında disiplin soruşturması ve kovuşturması yapılamayacak. Devam etmekte olan disiplin soruşturma ve kovuşturmaları işlemden kaldırılacak. Kesinleşmiş olan disiplin cezaları uygulanmayacak.

Disiplin affına ilişkin hükümler, 926 sayılı Türk Silahlı Kuvvetleri Personel Kanunu, 3466 sayılı Uzman Jandarma Kanunu, 3269 sayılı Uzman Erbaş Kanunu ile 357 sayılı Askeri Hakimler Kanunu'na tabi personel hakkında uygulanmayacak.