Refah Partisi’nin kapatıldığı dönemde Kayseri’deki son il başkanı olduğunu belirten Bayrak, 28 Şubat’ta Kayıp Trilyon davasında nasıl yargılandığını şu şekilde anlattı:
   “1997'de genel başkanımızın başbakan olduğu dönemde, Çiller ve Erbakan'ın kurmuş olduğu koalisyonda, genel başkanımız Kayseri'yi ziyaret etti. O dönemde il başkanımız gençlere mont giydirmiş, kış günü, hava soğuk, bayrak asılıyor, gençsel çalışma yapılıyor. Erbakan geldi, karşılandı ve gittiler. Başbakan olarak Kayseri'yi ziyaret ettiler. Cumhuriyet Başsavcılığı, Erbakan Hoca Kayseri’ye geldiğinde gençlerin aynı montu giymesini, 'Özel bir kuvvet kurdunuz' diye tanımlıyor ve merkezimize yazı gönderiyorlar. ‘Bu teşkilatı görevden devralın, almazsanız partiyle ilgili dava açacağız’ diye gelen yazı neticesinde Genel Başkanımız il teşkilatını görevden aldı. Alınca Erbakan Hoca beni aradı. Dedi ki: ‘Şaban hemen 50 kişilik yönetim kurulunu teşekkür ettir, bana bir hafta içerisinde listeyi ver.’ 'Benim işim var' dememe rağmen bu görevi yapmamı söyledi. O dönemde teşkilatı kurduk ve çalışmaya başladık. Neticesinde Refah Partisi'nin kapatılması söz konusu oldu. Tabii birçok haksızlık, kanunsuzluk, hukuksuzluk içinde gazetelerden toplanan başlıklarla suç isnat ederek partiyi kapattılar. Refah Partisi'nin en son il başkanı bendim. Parti kapatıldıktan sonra defterlerimizi, bütün evraklarımızı teslim ettik. Akabinde partiyi kapattıkları yetmedi, caza vermeleri gerekiyor ya, 'Partinin devlete ait olan paralarını haksız şekilde il yönetimine dağıttınız' dediler. Halbuki parti kapatılmadan aylarca önce bütün il teşkilatlarının masrafları var, makbuz karşılığında her sene olduğu gibi illere bu yardımlar yapılıyor. Hesaplarımız tamam, düzgün, aldığımız para belli, nereye harcadığımız muhasebe olarak gayet düzgün. Yapılan mahkeme neticesinde de hakimlerden biri işaret koyuyor, diyor ki, 'Hesapları düzgün, muhasebe defterleri uygun, ceza verilemez.' Ama her ne kadar da olsa bu alınmış bir karar, yani bütün il başkanlarına ceza verilecek ve 74 il başkanına birer yıl ceza verdiler. Suçumuz evrakta sahteciliğe yardımcı olmak. Hiç ilgisi olmayan bir şey. Yani burada birçok insan lekelendi, ekmeğe muhtaç insanlar iş bulamadı. Birçok insanla beraber biz de bu sıkıntıları çektik ve mahkeme devam etti. 2004 veya 2005 yılında mahkeme neticelendi. O zamanın parasıyla trilyonlarca hesap çıkardılar. Devlet bunları partiden de il başkanlarından da talep etti. Bir kısmını da aldılar, halen daha alınıyor. Birçok arkadaşımın malına el koydular. Neticede birer yıl da hapis verdiler. Kayseri Açık Cezaevi'nde 5 buçuk ay yatmış olduk. Bizim mağduriyetimiz budur.”
Bayrak, Darbeleri Araştırma Komisyonu’nda kendisi gibi mağdur olan çok sayıda kişi ile görüşülerek rapor yazılacağını ve raporlardan çıkan sonuçların yeni anayasada değerlendirileceğini söyledi. Kayıp Trilyon davasındaki mağduriyetinin giderilmesini isteyen Bayrak, “Kim zarar görmüşse sağ, sol, Kürt, Çerkez, memur, işçi, sendikalı, siyasetçi, hepsini dinliyorlar. Bu kişilerin söyledikleri hükümete sunulacak, bunun neticesinde anayasa yapılacak. Nasıl olur da darbelerin önü kesilir, bunlardan yola çıkılarak maddelerin konulması lazım. Bana göre haksız bir ceza gördük. Tabii hukuk yorumcuları istediği şekilde yorumlar. Bize göre harcanmış bir zamandı. Evrakta sahtecilikle lekelendik. Bunun karşılığında bu davayı açan hakimlerden hesap sorulmasını istiyorum. Hakikaten cezamız varsa çekelim ama dosyalar incelendiğinde bizim suçsuz olduğumuz ve asıl suçlular ortaya çıkmış olur” ifadelerini kullandı.